《名侦探柯南》的主线剧情一共包含多个案件，每个案件通常跨越多个集数。柯南因为遭受了黑暗组织的偷袭而变小，并决定展开调查。
《名侦探柯南》的主线剧情一共包含多个案件，每个案件通常跨越多个集数。以下是一些较为重要的主线剧情及其所在的集数：
1. 黑暗组织篇（第1集起）
这是整个剧情的核心，围绕着黑暗组织展开的故事线。柯南因为遭受了黑暗组织的偷袭而变小，并决定展开调查。
2. 柯南的本名篇（第128集-第129集）
柯南曝光了自己的真实身份，但为了保护家人和朋友的安全，他必须保持现状。
3. 红发组篇（第188集起）
柯南与红发组展开了一系列的交锋，其中包括了黑衣组织成员谜之人。
4. 新一复活篇（第425集-第426集）
柯南找到了能让他变回新一的药物，但最终还是选择了保护身边的人而放弃了复活的机会。
5. 赤井秀一篇（第491集起）
赤井秀一是黑暗组织的叛变成员，他和柯南合作揭露组织内部的秘密。
6. FBI篇（第803集起）
柯南与FBI合作，追踪黑暗组织在美国的活动，并参与了一场重要的决战。
以上是一些较为重要的主线剧情，还有一些短暂的剧情线也非常精彩，整个剧情发展非常复杂和庞大。